El intestino alberga una comunidad de bacterias, arqueas, hongos y virus llamada . Muchos microbios aprovechan fibras y otros compuestos que nuestras enzimas no pueden digerir. Al fermentarlos producen sustancias como ácidos grasos de cadena corta, que nutren células del colon e influyen en el ambiente intestinal. También participan en la producción o transformación de algunas vitaminas y compiten con organismos dañinos. «Necesitamos bacterias» no significa que todas sean beneficiosas ni que exista una composición perfecta para todo el mundo. La función depende de qué especies están presentes, qué comen y cómo interactúan con el sistema inmunitario; una comunidad alterada puede asociarse con enfermedad sin ser siempre su causa única.